به صورت کلی فیستول مقعد در نتیجه‌ی یک اتصال غیر نرمال میان دو ارگان یا دو سطح و بافت بدن به وجود می‌آید. در فیستول مقعد این اتصال بین دیواره‌ی مخاطی درون