En 1993 vuelven Alexis Mendoza, Miguel "Niche" Guerrero y Oswaldo Mackenzie. Llegan por primera vez Jorge Bolaño y el máximo ídolo en la historia del equipo y mejor jugador colombiano de la historia: Carlos "El Pibe" Valderrama. En el Torneo Apertura, Junior queda líder del grupo B con 21 puntos (5 más que el segundo Atlético Nacional) clasificando a los Cuadrangulares Finales. En el Torneo Finalización, Junior termina segundo con 35 puntos (4 menos que el líder Independiente Medellín). De bonificación de los dos torneos, Junior recibió 1,50 puntos. En los Cuadrangulares Finales, Junior queda en el grupo A junto a Atlético Nacional, Millonarios y Once Caldas. Junior queda segundo con los mismos puntos que el líder Atlético Nacional (8,50 puntos). En el Cuadrangular Final, Junior queda líder con 7 puntos (los mismos que el independiente Medellín). Miguel Ángel "El Niche" Guerrero queda goleador con 34 goles. Junior clasifica a su quinta Copa Libertadores y gana por tercera vez el campeonato colombiano. En Este Año Existieron Jugadores Que Marcaron Historia En Junior Como El Pibe Valderrama IVAN RENE VALENCIANO Ivan Rene Valenciano máximo goleador de la historia del Atlético Junior de Barranquilla con 158 goles, Carlos "el Pibe" Valderrama llego en 1993 para sacarlo campeón 2 veces, Víctor Danilo Pacheco cuarto máximo goleador de la historia del equipo con 78 goles y Jorge Bolaño. Aquí celebrando una anotación en el Metropolitano. EL CLUB CONSAGRABA SU TERCERA ESTRELLA ESE AÑO, EN UNA DRAMÁTICA FINAL QUE SE VIVIÓ EN EL METROPOLITANO CON EL AMÉRICA DE CALI Era el año 1993 medellin ya estaba celebrando el titulo al haberle ganado a nacional por 1 a 0 pero el partido en Barranquilla entre junior y América no había terminado . Aunque todavia no habia terminado en Barranquilla aun el partido .... EL partido estaba empatado 2 a 2 y junior necesitaba la victoria para salir campeon .. la felicidad llego al ultimo minuto del partido con gol de osvaldo mackenzie aunque en medellin ya estubieran dando la vuelta olímpica (esto no se acaba hasta que se acaba) y asi fue JUNIOR CAMPEÓN Y MEDELLIN LLORANDO CARLOS "EL PIBE" VALDERRAMA SE CONVIRTIÓ EN EL MÁXIMO ÍDOLO DE LA HINCHADA JUNIORISTA