Die Manila U-Bahn ist auch als MRT 3 bekannt. Sie wurde am 15. Dezember 1999 eingeweiht. Sie hat nur eine Linie und 13 Stationen. Die U-Bahn ist mit den Zügen aus dem Feldbahntransitsystem, Busse und Fähren verbunden. Man kann vom Flughafen mit dem nähersten Bus zur Taft Avenue Station fahren. Die U-Bahn ist von 4:30 Uhr bis 22:40 Uhr geöffnet. Die Ticketpreise variieren zwischen 13 und 100 Philippinen Pesos. Es ist empfohlen, die Stoßzeiten zu vermeiden, um die Unbequemlichkeit in der U-Bahn entzugehen.Man kann keine Blechdosen in die U-Bahn bringen. Die vorbespielten Berichte in der U-Bahn sprechen auf Englisch und auf Tagalog. Eine Linie namens MRT 7 wird für die U-Bahn gebaut. Viele touristische Attraktionen befinden sich in der Nähe von der Araneta Center - Cubao Station.